Пришлось поменять лечинки, замок зажигания, иммобилайзер. После установки всего машина схватыват и сразу глохнет. К то знает в чем причина?. Неужели в мозгах машины остался старый код с предыдущего иммои они теперь конфликтуют?. как быть?

Да.
Я менял ЭБУ - нужно было новый ЭБУ обучать работать с старым иммо. У вас наоборот но суть та же - старый ЭБУ нужно обучить новому иммо.
У меня это стоило 50$ (своими силами без спец оборудования этого не сделать как я понял).